2000-2007 döneminde kaydettiği rekor büyüme oranlarıyla Baltıkların yükselen ekonomileri arasında gösterilen Estonya, küresel krizin etkilerini en şiddetli hisseden ülkeler arasında yer aldı. Söz konusu dönemde yılda ortalama yüzde 8,5 oranında büyüme sergileyen Estonya ekonomisi, 2000 yılında AB ortalamasının yüzde 45’i oranında olan kişi başı GSYİH’sini 2008 yılında AB ortalamasının yüzde 67’sine yükseltmeyi başardı. 2008 yılında küresel mali krizin etkisiyle emlak sektöründeki aşırı büyüme ve gayrimenkul balonunun patlaması, yatırımların ve tüketimin azalması ve dış talebin düşmesiyle birlikte Estonya ekonomisi, 2009 yılında yüzde 14,1 oranında küçülerek, Letonya ve Litvanya’dan sonra en fazla küçülen AB ekonomisi oldu.

Kamu çalışanlarının maaşlarından yüzde 10; bakan maaşlarından ise yüzde 20 oranında kesintiye gidilmesi, emeklilik yaşının artırılması, sağlık harcamalarında kesintiler ve vergi artırımı gibi önlemleri içeren AB’nin en katı kemer sıkma paketlerinden birini uygulayan Estonya hükümeti, bu sayede ekonomiyi iyileştirmeyi başardı. Kemer sıkma önlemlerinin tepkiyle karşılandığı ve iktidardaki partilerin seçimleri kaybetmesiyle sonuçlandığı birçok AB ülkesinin tersine, Estonya’da kemer sıkma önlemleri geniş çaplı protestolara yol açmadı.

Kısa zamanda Maastricht Kriterleri’ni yerine getirmeyi başaran Estonya, 1 Ocak 2011 tarihinde Avro Alanı’na katılarak, Avro Alanı’nın en genç üyesi oldu. 2011 yılında, dış ticaretteki talep artışının da etkisiyle yüzde 8,3 oranında, Avro Alanı ortalamasının (yüzde 1,4) neredeyse altı katı kadar büyüme sergileyen Estonya, en fazla büyüyen AB ekonomisi oldu. Ancak Avro Alanı’ndaki borç krizinin etkisiyle, 2012 yılında büyüme hızı yavaşlayarak yüzde 3,9 oranında kaydedildi. 2013 yılında Estonya’da ekonomik büyüme yavaşlayarak yüzde 2,2 oranında kaydedildi. Avrupa Komisyonu, özellikle Rusya ve Ukrayna arasında yaşanan gerilim ve dış talepteki zayıflama nedeniyle,   büyümenin 2014 yılında yüzde 1,9; 2015 yılında ise yüzde 2 oranında gerçekleşeceğini öngörüsünde bulundu. Buna karşılık, küresel görünümdeki iyileşmeye bağlı olarak GSYİH büyümesinin 2016’da 2,7’ye yükselmesi bekleniyor.

2009 yılında krizin etkisiyle yüzde 13,8 oranına ulaşan işsizlik ile Estonya, Letonya ve İspanya’dan sonra AB genelinde işsizlik oranı en yüksek olan ülke konumunda bulunurken, 2010 yılının ikinci çeyreğinden itibaren dış ticaretteki talep artışına paralel olarak azalmaya başlayan işsizlik, 2011 yılında yüzde 12,5 oranında kaydedildi. 2012 yılında da azalmaya devam eden işsizlik, yüzde 10,2 ile son dört yılın en düşük seviyesinde gerçekleşti. 2013 yılında işsizlik azalmaya devam ederek, yüzde 8,6 oranına geriledi.

Estonya’nın krizi yönetmekteki performansı, Nobel ödüllü ekonomist Paul Krugman’ın 6 Haziran 2012 tarihinde The New York Times’daki blogunda yayımlanan “Estonya Rapsodisi” (Estonian Rhapsody) başlıklı yazısı ve bunu takiben Estonya Cumhurbaşkanı Toomas Hendrik Ilves ile sosyal medya üzerinden yaşanan hararetli tartışma nedeniyle manşetlere taşındı. Kemer sıkma politikalarına karşıtlığıyla bilinen Krugman, Estonya’yı kemer sıkma politikalarını destekleyenlerin poster çocuğu (poster child) ilan etti ve krizden toparlanamadığını ifade etti.

1 Mart 2015 tarihinde Estonya’da genel seçimler yapıldı. Seçimlerin galibi, oyların yüzde 27,7'sini alan iktidardaki Reform Partisi oldu. 2011'de yapılan genel seçimlere kıyasla üç sandalye kaybeden Avrupa’nın en genç Başbakanı Taavi Roivas’ın Reform Partisi, 101 sandalyeli mecliste 30 vekille temsil edilecek. Bir önceki seçimlerde 19 sandalyesi bulunan iktidarın diğer ortağı Sosyal Demokratlar, bu seçimlerde 15 sandalyenin sahibi oldu.

1 Temmuz 2017 tarihinde AB Konseyi Dönem Başkanlığı’nı Malta’dan sonra Estonya üstlendi. Estonya’nın bu görevi üstlenmesiyle beraber yeni bir üçlü Başkanlık dönemine de geçilmiş oldu. Brexit ile beraber Birleşik Krallığın AB Konseyi Dönem Başkanlığı’nın iptal edilmesiyle, sıradaki üye ülke olan Estonya, görevi devraldı. Estonya’nın bu görevi üstlenmesiyle beraber yeni bir üçlü başkanlık dönemine (Trio) de geçildi. Estonya’nın altı aylık dönem başkanlığı ile başlayan yeni Trio dönemi sırasıyla Bulgaristan ve Avusturya ile devam edecek.

Estonya’nın AB Konseyi Dönem Başkanlığı sürecinde benimsenen önceliklerinin; ülkenin “AB politikası” olarak açıklanan ve 2015-2019 dönemini kapsayan çalışma programı çerçevesindeki  öncelikleri şu şekilde belirlendi:

- Açık ve yenilikçi bir Avrupa ekonomisi, 
- Güvenli ve emniyetli bir Avrupa,
- Dijital bir Avrupa ve verilerin serbest dolaşımı,          
- Kapsayıcı ve sürdürülebilir bir Avrupa olarak belirlenmiş bulunuyor.

Ülkenin temel ekonomik göstergelerine buradan ulaşılabilir.